An zahlreichen Visitationen ist Melanchthon beteiligt. Ergebnis dieser Reise ist auch die Sorge um die kümmerliche Pädagogik dieser Zeit. Melanchthon als Pädagoge nimmt seine pädagogische Funktion nicht nur als Uniprofessor wahr, sondern schreibt zahlreiche Lehrbücher, entwickelt Konzeptionen für Neugründungen von Schulen und Universitäten. Die auf ihn zurückgehende höhere Lateinschule ist der Vorläufer der heutigen Gymnasien. Dabei sind die Reformvorschläge für das Bildungswesen freilich durch das humanistische Bildungsideal und die reformatorischen Ideen Luthers und Melanchthons erheblich beeinflußt.
Titelseite von Melanchthons
Unterricht der Visitatoren
Luther hat ihn schon früh so hoch geachtet, daß er ihm die Leitung der Reformation übertragen wollte, sollte er von dem Reichstag in Worms, der ja mit seiner Ächtung endete, nicht lebend zurückkehren.
Nach dem Tode Luthers im Jahre 1546 hat Melanchthon diese Funktion dann tatsächlich übernommen. Bis zu seinem Tod im Jahre 1560 war er das nicht unumstrittene Haupt der Reformation.